نایب رئیس مجلس شورای اسلامی در نامه‌ای به دبیر شورای نگهبان با اشاره به ایرادات مجمع تشخیص مصلحت نظام به مصوبات مجلس در برنامه ششم، گفت که شورای نگهبان باید نظر خودر را درباره این ایرادات اعلام کند؛ چرا که وجود دو شورای نگهبان نه از سوی قانون اساسی و نه هیچ عقل سلیمی پذیرفته نیست.
در نامه علی مطهری به آیت‌الله احمد جنتی آمده است:
«آیت‌الله جنتی
دبیر محترم شورای نگهبان
با اهداء سلام، همان طور که مستحضر هستید اخیرا و بعد از رحلت مرحوم آیت الله هاشمی رفسنجانی مجمع تشخیص مصلحت نظام فهرست مغایرتهای مصوبات مجلس با سیاستهای کلی نظام را برای شورای نگهبان ارسال می کند و این شورا آن‌چنان که در مورد برنامه ششم توسعه دیده شد بدون آنکه خود صحت و سقم این مغایرت‌ها را در مورد هر مصوبه بررسی و اظهار نظر کند که آیا ایراد مجمع وارد است یا نه، آن فهرست را یکجا به مجلس می فرستد و می گوید این مصوبات خلاف بند ۱ اصل صد و دهم قانون اساسی و در نتیجه مغایر با شرع است. چند نکته قابل ذکر است:
این یک بدعت در کار شورای نگهبان است چون اگر هر یک از موارد ارجاعی از سوی مجمع به شورای نگهبان مورد بحث قرار گیرد و درباره آن رای گیری شود ممکن است شورا برخی از آن‌ها را وارد نداند و از دستور خارج و زحمت مجلس کم شود. مجلس در مسیر قانون گذاری خود فقط با یک نهاد طرف است و آن شورای نگهبان است.
در آیین نامه نظارت بر اجرای سیاستهای کلی نظام که به امضای مقام رهبری رسیده آمده است در جریان بررسی طرح‌ها و لوایح در مجلس، نماینده مجمع تشخیص مصلحت نظام باید در کمیسیون مربوط حاضر شود و مغایرتهای طرح یا لایحه با سیاستهای کلی را اعلام کند، تصمیم گیری با مجلس است. این در حالی است که نماینده یا نمایندگان مجمع در بررسی لایحه برنامه ششم توسعه در کمیسیون تلفیق برنامه حضور پیدا نکردند و طبعا ارسال یکباره فهرست مغایرت‌ها به شورای نگهبان خلاف این آیین نامه بوده است.
