در استان اردبیل حداقل ۶ روستا به اسم خانقاه وجود دارد. بنابر فرهنگ جغرافیایی ایران خانقاه بالا در ۲۶ کیلومتری شمال شرقی اردبیل و در ۲ کیلومتری جاده قدیم اردبیل – آستارا واقع شده است. کوهستانی، معتدل، سکنه آن در سال ۱۳۳۰ش در حدود ۲۴۱۶ نفر بوده است. اهالی روستا پیرو مذهب شیعه بوده و زبانشان ترکی است. در شهرستان نمین در دو محل، دو روستا نزدیک هم، به نام های خانقاه بالا و پایین وجود دارد. سکنه خانقاه پایین در سال ۱۳۳۰ش، ۱۵۳۷ نفر بوده است. خانقاه را خنَه یَه هم می گویند.
اساسا خانقاه اقامتگاه و محل خلوت و عبادت متصوفه بوده است. اما لفظ خانقاه مخصوص صوفیه نیست و ظاهرا تا اواخر قرن چهارم هجری قمری منزلگاه بعضی طبقات مانویان نیز به همین نام خوانده می شده است. ظاهرا خانقاه از حدود قرن چهارم هجری قمری در بلاد اسلامی پدید آمده است. اما از بعضی روایات چنین بر می آید که صوفی ها مدتها قبل از آن در رمله فلسطین هم خانقاه داشته اند. ظاهرا غرض از بنای خانقاه آن بود که سیاحان و فقرای صوفیه در سیر و سیاحت خود جای استراحت و خوراک داشته باشند. ولی در اصل کاربرد عقیدتی و فکری هم داشته است.
در مجالس سماعی که در حضور شیخ صفی الدین اردبیلی در خانقاه ها و امثال آن بخصوص در خانقاه بزرگ خود شهر اردبیل برپا می شده و خود شیخ نیز در آن مجالس همپای دیگر مریدان مشغول سماع می گشته، قوالان با نوا و آواز خوش خودشان، نقش عمده ای در خلق شور و حال مناسب و ادامه آن داشتند. حتی اسامی تعدادی از آن قوالان نیز در کتاب صفوه الصفا برده شده است. با توجه به حالت خاص این خانقاه ها و اماکن بوده که اسم آنها را خانقاه گذاشته اند. که همان مکتب ادراک و معرفت (گنوستیسیزم) است.
در بین النهرین آئین مانی با مکتب گنوستیسیزم(مکتب ادراک و معرفت) به رقابت پرداخت و در این زمینه کسب موفقیت کرد. مکتب ادراک و معرفت مترادف با خانقاه در ادبیات و تاریخ ماست که ناشی از زبان تمدن ساز ترکی است. زیرا که خانقاه در لغت ترکی مکانی برای ادراک و معرفت می باشد و دقیقا مترادف با واژه گنوستیسیزم لاتینی است. خان و در اصل قان از مصدر قانماق به معنای درک و فهم بوده و قاه و گاه پسوند مکان است. بنابر دلایل آوایی و جغرافیایی و تاریخی، قانقاه تبدیل به خانقاه گردیده است. خود واژه خان نیز تضاد مفهومی با قان ندارد.
از بلاد آناتولی گرفته تا کل آذربایجان، دسته جوانمردان در هر شهر و آبادی و قریه وجود داشته است. این گروه در غریب نوازی و اطعام و برآوردن حوائج مردم و دستگیری از مظلومان در تمام دنیا بی نظیر بوده اند. برخی از این جوانمردان، امارت شهرها و دهات را هم بر عهده داشتند. برخی از این ولایتها چنین بوده که اگر در محلی سلطان نباشد حکومت به دست سردسته جوانمردان می افتاد. جوانمردانی که همیشه در خیابان و خانقاه خنجر بر کمر داشتند و در مصلی هم مسلح در صف نماز می ایستادند. بزرگانشان امارت شهرها داشته و در غیاب سلطان عهده دار حکومت بودند. غنی و فقیر، مراد و مرید هر شب در خانقاه ها، غذای اشتراکی می خوردند و به رقص و آواز می پرداختند. چنین افراد و گروه ها، به میدان نرفته و پیکار کرده، خود جنگاور جَبَلی بودند، چریک خانقاهی و تُرک سپاهی بودند. اجداد شاه اسماعیل ختایی، در واقع از سران بزرگ چنین اشخاصی بودند که بعد از مرگ سلطان ابوسعید بهادرخان ایلخانی، سلطان بی وارث(۳۵- ۱۳۱۶م) و آشفتگی اوضاع مملکت، در مقر و خانقاه خود رو به رشد نهادند.
خانقاه علیا: دهی از دهستان ویلکیج، بخش مرکزی شهرستان نمین استان اردبیل
این روستا در ۵ کیلومتری جنوب شرقی نمین واقع شده است. رودخانه بویوک چای که از کوه تویوق سرچشمه گرفته از شرق آبادی گذشته و به قره سو می ریزد. زبان مردم آبادی ترکی و اهالی پیرو مذهب تشیع اند. این قریه در سال ۱۳۸۵ش دارای ۲۰۳ نفر جمعیت بوده است. در شرق خانقاه علیا و در دامنه کوه نسبتا کم ارتفاعی در مسیر جاده قدیم آستارا، چشمه بروکش سویی قرار گرفته است. آب این چشمه در تمام فصول سال به یک اندازه است. خاک اطراف چشمه کاملا سیاه و شبیه زغال است. آب سبک شیرین چشمه نیز بیش از اندازه سرد است بطوریکه دست را نمی توان بیش از ۵ دقیقه داخل آن نگه داشت. بعد از یک وعده غذای زیاده از حد با نوشیدن یک لیوان از آب این چشمه بعد از حدود نیم ساعت احساس گرسنگی به انسان دست می دهد. گورستان کهنه نووه دی در شمال روستای خانقاه علیا واقع شده است. قدمت آن به دوره اسلامی (ایلخانی – تیموری) می رسد.
خانقاه سفلی: دهی از دهستان ویلکیج شمالی، بخش مرکزی شهرستان نمین استان اردبیل
این روستا در ۴ کیلومتری جنوب شرقی نمین واقع شده است. رودخانه خنق که از کوه تویوق سرچشمه گرفته از شمال آبادی گذشته و به رودخانه قرهسو می ریزد. زبان مردم آبادی ترکی و اهالی پیرو مذهب تشیع اند. این قریه در سال ۱۳۸۵ش دارای ۴۷۵نفر بوده است.
در خانقاه سفلی چشمه های متعددی وجود دارد که عبارتند از چشمه عمومی خود خانقاه که در قسمت مشرق روستا و جنوب حمام قدیمی روستا قرار دارد، عاشیق فتح اله بولاغی، اکبر بولاغی، داش بولاغی، رجب بولاغی، نسوب بولاغی. از چشمه های دیگر روستا هستند.
رودها عبارتند از : بوءیوک چای، اورتا چای، ساری آرخ، مئشه چایی، سدی نیز به اسم سد حاجی کیشی در نزدیکی این روستا وجود دارد. این روستا دارای ۵ آسیاب هم بوده است. در این روستا حمامی تاریخی و قدیمی هم وجود دارد که به احتمال بنای آن تا عصر صفویه برمیگردد. تا همین اواخر از این حمام استفاده می شده است. چند تپه باستانی نیز در روستای خانقاه سفلی وجود دارد از جمله: گیرده تپه سی که در حدود ۱۵۰۰متری غرب روستا قرار دارد که دارای تاریخی مربوط به هزاره اول قبل از میلاد است. چون پیرامون تپه به صورت گرد می باشد گیرده تپه نامیده شده است. غارتگران اشیا قدیمی این تپه را زیرورو کرده اند. خرمن یئری تپه سی، قدمت آن مربوط به هزاره اول قبل از میلاد می باشد. قیبله تپه سی، در فاصله ۱۸۰۰متری روستا قرار دارد. چون در سمت قبله خانقاه قرار گرفته به این نام شهرت دارد. حاش تپه و زینال تپه هم در قسمت شرق و جنوب شرقی روستای خانقاه سفلی قرار دارند.
بقعه شیخ صونا نیز یکی از آثار روستای خانقاه سفلی است که مورد بی مهری جویندگان وسایل عتیقه شده آنجا را کنده و زیر و رو نموده اند. در این خصوص فردی خوش ذوق و وطن پرست چنین سروده است:
آنا یوردوم کندین قیبله تپه سین
شیخ صونانین قره پالچیق کومه سین
کندیمیزین داغ دوءشونده توربه سین
هئچ بیلمه دیم کیملر گلیب قازدیلار
ائلیمیزین گوءزل رسمین پوزدولار
منصور جدی