محمد محمدی ریشهری، طراح اعدام چند هزار زندانی سیاسی در سال ۱۳۶۷ در ۷۵ سالگی درگذشت. در تابستان سال ۱۳۶۷ حکومت جمهوری اسلامی چند هزار زندانی سیاسی مخالف خود را که تعداد آنها از چهار هزار نفر تا رقمی نامعلوم ذکر میشود، ظرف چندین هفته و به طور دستهجمعی به قتل رساند. این اعدامهای دستهجمعی که به اعدامهای ۶۷ مشهورند، بزرگترین کشتار سیاسی مخالفان در تاریخ معاصر ایران به شمار میروند.
محمد محمدی ریشهری در زمان این کشتار وزیر اطلاعات جمهوری اسلامی بود و از او در کنار احمد خمینی فرزند و رئیس دفتر روحالله خمینی، رهبر وقت جمهوری اسلامی به عنوان دو طراح اصلی این کشتار یاد میشود. معروف است که محمد محمدی ریشهری و احمد خمینی با دریافت فرمان و فتوای کشتار اعدام زندانیان سیاسی از روحالله خمینی کشتار زندانیان سیاسی را طراحی کردند و آن را در تهران به یک کمیته چهار نفره سپردند که به هیات مرگ معروف شد.
یکی از اعضای این کمیته چهار نفره ابراهیم رئیسی، رئیس جمهوری کنونی ایران بود که در آن زمان جانشین دادستان به شمار میرفت. مصطفی پورمحمدی معاون ریشهری در وزارت اطلاعات عضو دوم این کمیته بود. حسین علی نیری حاکم شرع وقت و اشراقی دادستان تهران دیگر اعضای این کمیته مرگ بودند. کمیته مرگ که مشابه آن در زندانهای دیگر شهرهای ایران نیز ایجاد شده بود با پرسیدن یک یا دو سوال از هر زندانی که «آیا سر خود موضع هستی؟» (هنوز از مواضع گروه سیاسی خود دفاع میکنی) و حتی در مواردی، بدون پرسیدن سوال، چند هزار زندانی سیاسی را اعدام کردند.
ریشهری پیش از کشتار زندانیان سیاسی در سال ۱۳۶۷ به عنوان بزرگترین جنایت در پرونده خود، در سه سمت قضائی دیگر نیز عامل اعدام شمار زیادی از منتقدان و مخالفان جمهوری اسلامی بود.
در سال ۱۳۵۸ ریشهری به عنوان حاکم شرع و ریاست دادگاههای ارتش منصوب شد و در این سمت بویژه در جریان مقابله با کودتای نوژه که به قیام افسران نیز معروف است، شماری از خلبانها و دیگر افسران ارتش را که درصدد سرنگونی جمهوری اسلامی برآمده بودند محاکمه و اعدام کرد.